Già intorno all’anno Mille dei monaci agostiniani devoti a sant’Antonio, considerato il fondatore del monachesimo cristiano, si erano insediati sull’isoletta creatasi alla confluenza degli allora due rami del Po: il Primaro e il Volano.

Nel 1257 il marchese acquistò dai padri l’intera area e gli antichi edifici e l’anno seguente Beatrice e le sue compagne si trasferirono nel convento, bisognoso tuttavia di lavori ed ampliamenti. La nuova chiesa venne ideata con ogni probabilità sulla base di una pianta a tre navate, in seguito trasformata in un’aula semplice, rispettando la tradizione benedettina. 

Nei secoli si sono susseguite modifiche e stratificazioni, per cui tracce di decorazioni all’uso bizantino (ritracciabili anche nella vicina abbazia di Pomposa) si accompagnano ad elementi romanici e gotici, fino ad altari e decorazioni tipiche del Seicento ferrarese. La chiesa attuale si divide in due spazi riservati rispettivamente ai fedeli e alle monache. Se la parte dedicata ai laici presenta oggi un aspetto pienamente barocco, fortemente caratterizzato dal grande soffitto affrescato da Francesco Ferrari, quella interna ad uso esclusivo delle benedettine conserva, invece, ampie porzioni dell’antica decorazione ad affresco di scuola giottesca, oltre che il coro ligneo delle monache ed altre opere quattro e cinquecentesche. 

Dopo le soppressioni napoleoniche del 1796, le conseguenti trasformazioni ed altre complesse vicende, nel 1910 il Comune di Ferrara ha acquistato il monastero affidandolo nuovamente alla custodia delle benedettine. Il monastero conserva ancora oggi, nell’ala settentrionale del chiostro, il sepolcro della beata Beatrice d’Este dalla cui tomba in marmo periodicamente stilla un’acqua detta le “Lacrime della Beata”, considerata dalla Chiesa cattolica “prodigiosa”.